La alta expresión de ARN largo no codificante MALAT1 en el cáncer de mama se asocia con una supervivencia deficiente sin recaída

Objetivo: Estudiar la transcripción del Metastasis- Associated Lung Adenocarcinoma Transcrip 1 (MALAT1) asociado al cáncer de pulmón en las células no pequeñas del pulmón, relacionando la expresión del mismo gen MALAT1 en pacientes que sobreviven y desarrollan cáncer de mama.

Muestra: Muestras tumorales de 509 pacientes durante la resección quirúrgica de su cáncer primario. 

Tipo de Ácido Nucleico: ARN largo no codificante (lncARNs)

Genes a analizar: La localización subcelular también determina la función de lncRNA que rodean el nucleo y regulan la exprecion genica de X Inactive Specific Transcrip (XIST), BMP2- OP1- Responsive Gene (BORG) y Nuclear Enriched Aboundant Transcrip 1 (NEAT1).

MALAT1 también es conocida como Nuclear-Enriched Abundant Transcrip 2 (NEAT2) localizad en chr11q13 con 8.0 kb de longitud.

Tipo de PCR: Reaccion en cadena cuantitativa de la polimerasa con transcriptasa inversa (qRT-PCR)

Pasos:

1. El ARN total se extrajo de muestras frescas de tumores de mama congelados (~ 30 mg) utilizando el kit de ADN/ARN de Allprep (Qiagen)
   
   
2. Alrededor de 1 μg de ARN total se transcribió inversamente en ADNc utilizando el kit de transcripción inversa de LifeTech.
3. El ADNc se amplificó para una región específica de MALAT1 después de mezclarse con el SYBR Green Master Mix (LifeTech) y un par de cebadores específicos para MALAT1. 
4. Se utilizó GAPDH como referencia. 
5. Los cebadores de PCR fueron diseñados utilizando la secuencia NR_002819.2 y sintetizados por Integrated DNA Technologies. 
6. Los niveles de expresión de MALAT1 se calcularon como un Indice de Expresión (EI) utilizando la fórmula 1.000 × 2(−ΔCt), donde ΔCt = Ct (MALAT1) − Ct (GAPDH). Cada muestra fue analizada por triplicado. Se repitieron las pruebas con réplicas deficientes (coeficiente de variación >15%).

Referencia 

Wang, Z., Katsaros, D., Biglia, N., Shen, Y., Fu, Y., Loo, L. W. M., Jia, W., Obata, Y. y Yu, H. (2018). La alta expresión de ARN largo no codificante MALAT1 en el cáncer de mama se asocia con una supervivencia deficiente sin recaídas. Investigación y tratamiento del cáncer de mama, 171(2), 261–271. https://doi.org/10.1007/s10549-018-4839-2