Objetivo: Estudiar la transcripción del Metastasis- Associated Lung Adenocarcinoma Transcrip 1 (MALAT1) asociado al cáncer de pulmón en las células no pequeñas del pulmón, relacionando la expresión del mismo gen MALAT1 en pacientes que sobreviven y desarrollan cáncer de mama.
Muestra: Muestras tumorales de 509 pacientes durante la resección quirúrgica de su cáncer primario.
Tipo de Ácido Nucleico: ARN largo no codificante (lncARNs)
Genes a analizar: La localización subcelular también determina la función de lncRNA que rodean el nucleo y regulan la exprecion genica de X Inactive Specific Transcrip (XIST), BMP2- OP1- Responsive Gene (BORG) y Nuclear Enriched Aboundant Transcrip 1 (NEAT1).
MALAT1 también es conocida como Nuclear-Enriched Abundant Transcrip 2 (NEAT2) localizad en chr11q13 con 8.0 kb de longitud.
Tipo de PCR: Reaccion en cadena cuantitativa de la polimerasa con transcriptasa inversa (qRT-PCR)
Pasos:
- El ARN total se extrajo de muestras frescas de tumores de mama congelados (~ 30 mg) utilizando el kit de ADN/ARN de Allprep (Qiagen)
- Alrededor de 1 μg de ARN total se transcribió inversamente en ADNc utilizando el kit de transcripción inversa de LifeTech.
- El ADNc se amplificó para una región específica de MALAT1 después de mezclarse con el SYBR Green Master Mix (LifeTech) y un par de cebadores específicos para MALAT1.
- Se utilizó GAPDH como referencia.
- Los cebadores de PCR fueron diseñados utilizando la secuencia NR_002819.2 y sintetizados por Integrated DNA Technologies.
- Los niveles de expresión de MALAT1 se calcularon como un Indice de Expresión (EI) utilizando la fórmula 1.000 × 2(−ΔCt), donde ΔCt = Ct (MALAT1) − Ct (GAPDH). Cada muestra fue analizada por triplicado. Se repitieron las pruebas con réplicas deficientes (coeficiente de variación >15%).
Referencia
